La Compañía del Anillo se ha disuelto. El portador del anillo Frodo y su fiel amigo Sam se dirigen hacia Mordor para destruir el Anillo Único y acabar con el poder de Sauron. Mientras, y tras la dura batalla contra los orcos donde cayó Boromir, el hombre Aragorn, el elfo Legolas y el enano Gimli intentan rescatar a los medianos Merry y Pipin, secuestrados por los ogros de Mordor. Por su parte, Saurón y el traidor Sarumán continúan con sus planes en Mordor, en espera de la guerra contra las razas libres de la Tierra Media.

Año 2154. Jake Sully, un ex-marine condenado a vivir en una silla de ruedas, sigue siendo un auténtico guerrero. Por ello ha sido designado para ir a Pandora, donde algunas empresas están extrayendo un mineral extraño que podría resolver la crisis energética de la Tierra. Para contrarrestar la toxicidad de la atmósfera de Pandora, se ha creado el programa Avatar, gracias al cual los seres humanos mantienen sus conciencias unidas a un avatar: un cuerpo biológico controlado de forma remota que puede sobrevivir en el aire letal. Esos cuerpos han sido creados con ADN humano mezclado con ADN de los nativos de Pandora, los Na'vi. Convertido en avatar, Jake puede caminar otra vez. Su misión consiste en infiltrarse entre los Na'vi, que se han convertido en el mayor obstáculo para la extracción del mineral. Pero cuando Neytiri, una bella Na'vi, salva la vida de Jake, todo cambia: Jake, tras superar ciertas pruebas, es admitido en su clan.

Las fuerzas de Saruman han sido destruidas, y su fortaleza sitiada. Ha llegado el momento de que se decida el destino de la Tierra Media, y por primera vez en mucho tiempo, parece que hay una pequeña esperanza. La atención del señor oscuro Sauron se centra ahora en Gondor, el último reducto de los hombres, y del cual Aragorn tendrá que reclamar el trono para ocupar su puesto de rey. Pero las fuerzas de Sauron ya se preparan para lanzar el último y definitivo ataque contra el reino de Gondor, la batalla que decidirá el destino de todos. Mientras tanto, Frodo y Sam continuan su camino hacia Mordor, a la espera de que Sauron no repare en que dos pequeños Hobbits se acercan cada día más al final de su camino, el Monte del Destino.